Der Überlieferung nach hielt Buddha seine erste Predigt unter einem Bodhi Baum. Dieses herrliche Exemplar eines Bodhi Baums ist jetzt aber nicht das, unter dem Buddha predigte, sondern steht im ersten Innenhof des Punakha Dzong.
Als der Shabdrung aus Tibet nach Bhutan ging, nahm er eine heilige Reliquie mit. Diese Reliquie wollten die Tibeter zurückholen und zogen gen Bhutan. Zum Schutz vor den eindringenden Tibetern ließ der Shabdrung 16 Festungen, die Dzongs, errichten. Der größte und prächtigste ist der Punakha Dzong. Auf einer Landzunge am Zusammenfluss der Flüsse Pho und Mo ließ ihn der Shabrung 1637 bauen. Der Angriff der Tibeter wurde abgewehrt. Mächtige Statuen des Buddha, des Guru Rinpoche und des Shabrung beherrschen die großartige Versammlungshalle. Hier wurde 1907 der erste König Bhutans gekrönt. In einem der 21 Tempel ruhen die Gebeine des Shabdrung. Dieser Tempel darf nur vom König und dem obersten Lama Bhutans betreten werden. Seit Errichtung des Punakha Dzong war Punakha die Winterhauptstadt, bis im Jahr 1954 Timphu offiziell zur Hauptstadt Bhutans erklärt wurde. Noch heute gilt der erste Besuch eines Königs nach seiner Krönung dem Punakha Dzong.
